少年Pi的奇幻漂流分為三部分。在第一部分，已經是成人的主角, Pi, 回憶他的童年。為了紀念一個在法國名稱皮辛‧墨利多‧帕拓爾〔Piscine Molitor Pator〕 的游泳池，父母給他取名為皮辛‧帕帖爾〔Piscine Patel〕。由於Piscine發音聽起來接近英文發音的「尿尿〔Pissing〕」，他的同學們取笑他，給他取了一個「尿尿」Patel的綽號。為此，受夠了同學取笑的他，在中學時期改稱自己為Pi(即圓周率π)。他的父親在 Pondicherry 擁有一間動物園，在童年期間，Pi了解一些動物心理學，而他的父親也提供了Pi富裕、舒適的生活方式。
Pi從小在印度宗教中洗滌，但是在14歲的時候，因緣巧合之下，他接觸了基督教和伊斯蘭教；他單純地只想要愛神，也因此開始了他開始同時依附、追隨著三種宗教。他嘗試著從這三種不同的宗教信仰來瞭解神──也發覺了這三種不同的宗教不同的優點。
後來，由於印度當時政治上的一些紛擾，Pi的家人決定賣掉他們的動物，然後搬到加拿大。在小說裡頭的第二部分，Pi的家人帶著一些他們動物園的動物，搭著一艘日本貨物船，踏上了遠渡重洋──從印度到加拿大的旅程。但是出海才不到幾天，貨船遇到了暴風雨而沉船了，他的家人也在船難中死去。暴風雨過後，恢復意識後的Pi發現自己跟一隻斑點鬣狗、一隻受傷的斑馬、一隻猩猩和一隻成年孟加拉虎在一艘小救生艇裡。
在與動物共存的環境裡，Pi親眼目睹了動物的原始的野性。斑點鬣狗殺死了已經受傷的斑馬，後來鬣狗也殺死了猩猩。在人與動物裡共存、想活下去、精神緊繃的壓力下，一隻藏在帆布下，名叫理察‧派克（Richard Parker）的孟加拉虎跳出來殺死了、並吃了斑點鬣狗。驚慌的Pi利用了一些能夠漂浮的器具，製造了一個小的漂浮筏，用繩子把漂浮筏跟小救生艇繫在一起，然後逃到小漂浮筏上。Pi給李察‧派克他所捕捉到的魚跟收集到的淡水，也同時試圖用一邊吹哨子、一邊搖晃船讓理察‧派克暈船來制約它。最後，李察‧派克習慣了Pi的存在，他們也從此在船上共同生存。
Pi回憶起、述說著在海上漂流時所遇到的不同的場景，包括了在斷糧絕望之際發現一座島嶼，島嶼上住了許多狐獴，但是看似烏托邦的世界卻具有肉食性。227天後，救生艇被沖上了墨西哥海岸。理察‧派克立即逃遁入附近的叢林。(227天的涵義是圓周率的略估值, 即22/7)
在小說的第三部分，兩位從日本交通部來的官方人員來調查沉船的原因，當Pi告訴他們，他與動物共存的故事，他們覺得這個故事是不可能發生的，所以Pi告訴了他們另外一個版本──當人失去人性的之後的版本──Pi跟著另外三個倖存者在救生艇上。另外三個倖存者包括輪船的廚師、斷了一隻腿的船員、和Pi的母親。貨船的廚師殺了船員並把他切成一塊一塊來當做食物跟餌，Pi的母親憤怒的阻止，卻反被殺害。這時，日本交通部來的兩位官方人員連接起了兩個故事之間的關係──斑點鬣狗是輪船的廚師，受傷的斑馬是船員，猩猩是Pi的母親，而那隻名叫理察‧派克的孟加拉虎則是Pi他本人。既無法找出船難發生的原因頓時也在調查書選擇接受了Pi所描述的動物版本，不再追問。
Pi問了那兩位日本官方人員，問他們會選擇哪一個版本。日本官方人員想要知道的是船難發生的原因，既無法找出船難發生的原因，而Pi給的兩種故事版本，也沒有人能證實哪一個版本是真的，最後那兩位日本官方人員選擇了Pi的動物版本。Pi謝過他們後，深富涵義地說了：「信神也是如此」。
李安電影版本（電影結尾改編）：
Pi問了準備寫他的故事的作者，問他會選擇哪一個版本。Pi給的兩種故事版本，無其他人能證實哪一個版本是真的。最後作者說他選擇相信動物版本。Pi謝過作者後，深富涵義地說了：「信神也是如此」。
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